Vrijstaande magnetrons zijn waarschijnlijk de meest gekochte magnetrons. Het voordeel van een vrijstaande magnetron, in tegenstelling tot een inbouw magnetron, is dat je alle vrijheid hebt om de magnetron te plaatsen op de plek die jou het beste uitkomt. Je hoeft geen rekening te houden met bepaalde inbouwafmetingen van de magnetron. Daarnaast zijn vrijstaande magnetrons goedkoop in aanschaf en in allerlei designs te koop, van een strakke magnetron tot een magnetron in retro stijl.
De vrijstaande magnetrons zijn in diverse afmetingen verkrijgbaar. Warm je regelmatig grote hoeveelheden op, dan is een magnetron van minimaal 25 liter aan te raden. Voor de kleine gebruikers zijn er magnetrons met een kleinere inhoud.